Berdasarkan Pasal 23 E, 23 F dan 23 G Bab VIII.A Perubahan Ketiga UUD 1945 ditegaskan bahwa Badan Pemeriksa Keuangan RI selain berkedudukan di Ibukota Negara, juga memiliki kantor Perwakilan di setiap Provinsi di wilayah Indonesia.
Untuk dapat merealisasikan amanat-amanat tersebut diatas, maka didalam rencana pengembangan Kelembagaan BPK-RI TA 2005 ditetapkan pembukaan beberapa Perwakilan baru di ibukota provinsi, diantaranya pembukaan Perwakilan X BPK-RI di Pekanbaru.
Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Perwakilan Provinsi Riau dibentuk berdasarkan SK BPK Nomor 06/SK/I-VIII.3/5/2005 Tentang Perubahan Atas SK BPK RI Nomor 12/SK/I-VIII.3/7/2004 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana BPK RI sebagaimana telah diubah dengan SK BPK RI Nomor 05/SK/I-VIII.3/3/2005 tanggal 2 Mei 2005.
Peresmian kantor dilakukan oleh Wakil Ketua BPK RI, H. Abdullah Zainie,S.H (alm). pada tanggal 9 Desember 2005. Selanjutnya, pada tanggal 10 Desember 2010, Ketua BPK RI, Drs. Hadi Poernomo, Ak meresmikan gedung kantor baru yang terletak di Jl. Jenderal Sudirman Nomor 721 Pekanbaru, Riau.
Penyebutan nama kantor perwakilan mengalami beberapa kali perubahan. Awalnya pada saat diresmikan adalah Perwakilan X BPK RI Di Pekanbaru. Dengan adanya SK BPK RI Nomor 39/K/I-VIII.3/7/2007, maka penyebutan nama kantor diubah menjadi Perwakilan BPK RI Di Pekanbaru. Terhitung sejak tanggal 24 Oktober 2008, dengan SK Ketua BPK RI Nomor 06/K/I-XIII.2/10/2008 Tentang Nama Kantor Perwakilan Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia, maka penyebutan nama Kantor Perwakilan BPK RI Di Pekanbaru diubah menjadi Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Kantor Perwakilan Provinsi Riau. Tahun 2009, dengan SK Ketua BPK RI Nomor 01/K/I-XIII.2/1/2009 tanggal 13 Januari 2009 tentang Nama Perwakilan Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia, nama kantor perwakilan kembali diubah menjadi Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Perwakilan Provinsi Riau.
Formasi karyawan pada saat awal mulai beroperasinya Perwakilan ini adalah 5 Orang Pejabat Struktural (satu orang Kepala Perwakilan dan empat orang Kepala Seksi), 43 pegawai dengan Jabatan Fungsional Tertentu (JFA) dan 2 orang pegawai Administrasi. Karyawan untuk Perwakilan Pekanbaru merupakan pindahan dari Perwakilan Medan (34 Orang), Perwakilan Palembang (13 orang) dan Pusat (2 orang). Pada tanggal 5 Januari 2006 Pejabat Eselon III dan Eselon IV dilantik oleh Sekjen BPK RI Bapak Drs. Dharma Bhakti