Berdasarkan Pasal 23 E, 23 F dan 23 G Bab VIII.A Perubahan Ketiga UUD 1945 ditegaskan bahwa Badan Pemeriksa Keuangan RI selain berkedudukan di Ibukota Negara, juga memiliki kantor Perwakilan di setiap Provinsi di wilayah Indonesia. Untuk dapat merealisasikan amanat-amanat tersebut diatas, maka didalam rencana pengembangan Kelembagaan BPK-RI TA 2005 ditetapkan pembukaan beberapa Perwakilan baru di ibukota provinsi, diantaranya pembukaan Perwakilan X BPK-RI di Pekanbaru.
Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Perwakilan Provinsi Riau dibentuk berdasarkan SK BPK Nomor 06/SK/I-VIII.3/5/2005 Tentang Perubahan Atas SK BPK RI Nomor 12/SK/I-VIII.3/7/2004 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana BPK RI sebagaimana telah diubah dengan SK BPK RI Nomor 05/SK/I-VIII.3/3/2005 tanggal 2 Mei 2005. Peresmian kantor dilakukan oleh Wakil Ketua BPK RI, H. Abdullah Zainie, S.H. pada tanggal 9 Desember 2005 dan berlokasi sementara di Lantai dua Gedung KPU Provinsi Riau. Selanjutnya, pada tanggal 10 Desember 2009, Ketua BPK RI, Drs. Hadi Poernomo, Ak meresmikan gedung kantor baru yang terletak di Jl. Jenderal Sudirman Nomor 721 Pekanbaru, Provinsi Riau. Berdirinya BPK RI Perwakilan Provinsi Riau merupakan implementasi dari penguatan amanat konstitusional dalam amandemen ketiga UUD 1945, yang menegaskan bahwa pada pasal 23 G Bab VIII.A, Badan Pemeriksa Keuangan RI selain berkedudukan di Ibukota Negara, juga memiliki kantor Perwakilan di setiap Provinsi di wilayah Indonesia. Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Perwakilan Provinsi Riau dibentuk berdasarkan SK BPK Nomor 06/SK/I-VIII.3/5/2005 Tentang Perubahan Atas SK BPK RI Nomor 12/SK/I-VIII.3/7/2004 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana BPK RI sebagaimana telah diubah dengan SK BPK RI Nomor 05/SK/I-VIII.3/3/2005 tanggal 2 Mei 2005.
Penyebutan nama kantor perwakilan mengalami beberapa kali perubahan. Awalnya pada saat diresmikan adalah Perwakilan X BPK RI Di Pekanbaru. Kemudian, dengan adanya SK BPK RI Nomor 39/K/I-VIII.3/7/2007, maka penyebutan nama kantor diubah menjadi Perwakilan BPK RI Di Pekanbaru. Terhitung sejak tanggal 24 Oktober 2008, dengan SK Ketua BPK RI Nomor 06/K/I-XIII.2/10/2008 Tentang Nama Kantor Perwakilan Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia, maka penyebutan nama Kantor Perwakilan BPK RI Di Pekanbaru diubah menjadi Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Kantor Perwakilan Provinsi Riau. Tahun 2009, dengan SK Ketua BPK RI Nomor 01/K/I-XIII.2/1/2009 tanggal 13 Januari 2009 tentang Nama Perwakilan Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia, nama kantor perwakilan kembali diubah menjadi Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Perwakilan Provinsi Riau hingga saat ini.
Formasi pegawai pada awal mulai beroperasinya Perwakilan ini diisi oleh lima orang Pejabat Struktural yang terdiri atas satu orang Kepala Perwakilan dan empat orang Kepala Seksi. Jumlah pegawai awal sebanyak 45 orang yang terdiri atas 43 pegawai dengan Jabatan Fungsional Tertentu (JFA) dan dua orang pegawai Administrasi. Untuk mengisi formasi karyawan pada awal berdirinya Perwakilan ini maka dilakukan pemindahan karyawan dari Perwakilan lainnya dan dari Kantor Pusat. Karyawan pindahan dari Perwakilan Medan sejumlah 34 Orang, dari Perwakilan Palembang sebanyak 13 orang dan pindahan dari Pusat sebanyak 2 orang. Pada tanggal 5 Januari 2006 Pejabat Eselon III dan Eselon IV dilantik oleh Sekjen BPK RI saat itu, Bapak Drs. Dharma Bakti.
Pada tahun 2013, BPK RI Perwakilan Provinsi Riau memiliki sembilan Pejabat Struktural yang terdiri atas satu orang Kepala Perwakilan (Eselon II), satu orang Kepala Sekretariat Perwakilan (Eselon III), dua orang Kepala Sub Auditorat (Eselon III), dan lima orang Kepala Subbagian (Eselon IV). Subbagian yang ada di lingkungan BPK RI Perwakilan Provinsi Riau adalah Subbagian Umum, Subbagian Hukum dan Humas, Subbagian Keuangan, Subbagian Sekretariat Kepala Perwakilan, dan Subbagian Sumber Daya Manusia (SDM). Jumlah pegawai pada tahun 2013 sebanyak 77 orang, yang terdiri atas 67 pegawai dengan Jabatan Fungsional Pemeriksa (JFP) dan 10 pegawai administrasi. Jumlah entitas pemeriksaan pada BPK RI Perwakilan Provinsi Riau adalah 13 entitas, yang terdiri dari Provinsi Riau, Kabupaten Pelalawan, Kabupaten Siak, Kabupaten Indragiri Hulu, Kabupaten Indragiri Hilir, Kabupaten Kuantan Singingi, Kabupaten Kampar, Kabupaten Rokan Hulu, Kabupaten Rokan Hilir, Kabupaten Bengkalis, Kabupaten Kepulauan Meranti, Kota Pekanbaru dan Kota Dumai serta BUMD dan lembaga terkait di lingkungan entitas. Selain melaksanakan tugas pemeriksaan atas pengelolaan dan tanggung jawab keuangan daerah pada masing-masing entitas yang berada pada wilayahnya, BPK Perwakilan Provinsi Riau juga melaksanakan pemeriksaan yang dilimpahkan oleh BPK RI Pusat. BPK RI Perwakilan Provinsi Riau juga melaksanakan tugas Pemantauan Penyelesaian Kerugian Negara/Daerah (Keruneg/Keruda) dan Pemantauan Tindak Lanjut Rekomendasi Hasil Pemeriksaan (PTLRHP).
Pada tahun 2014, melalui Keputusan Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia Nomor 3/K/I-Xiii.2/7/2014 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan telah terjadi perubahan struktur organisasi, dimana Subbagian Hukum dan Humas berpisah dan Sub Bagian Hukum menjadi Sub Bagian tersendiri sementara Sub Bagian Humas bergabung dengan Subbagian Sekretariat Perwakilan menjadi Subbagian Humas dan Tata Usaha Perwakilan Serta Subbagian Umum berubah nama menjadi Subbagian Umum dan TI.
KEPALA BPK PERWAKILAN PROVINSI RIAU DARI MASA KE MASA :
BPK Perwakilan Provinsi Riau telah mengalami sebelas periode kepemimpinan yaitu:
- Drs. Zindar Kar Marbun, M.Si. menjabat dari 31 Oktober 2005 s.d. 23 November 2006;
- Dr. H. Eko Sembodo, S.E., M.M. menjabat sejak 24 November 2006 s.d. 2 September 2010;
- Muktini, S.H. menjabat sejak 3 September 2010 s.d. Juli 2011
- Drs. Widyatmantoro menjabat sejak Juli 2011 s.d. 5 Oktober 2015
- Harry Purwaka, S.E., MSF., Ak, CA. menjabat sejak 6 Oktober 2015 s.d. 14 Agustus 2018
- Thomas Ipoeng Andjar Wasita S.E., M.M. menjabat sejak 15 Agustus 2018 s.d. Oktober 2020
- Widhi Widayat S.E., M.Si., Ak., CA., CFSA. menjabat sejak November 2020 s.d. Agustus 2022
- Indria Syzinia S.E., M.Si., CA, Ak., CSFA. menjabat sejak September 2022 s.d. Mei 2023
- Dr. Arman Syifa SST, M.Acc., Ak., CSFA, CertDA. menjabat sejak Mei 2023 s.d. Oktober 2023
- Jariyatna S.E., M.M., Ak., CPA., CPSAK, CSFA. menjabat sejak Oktober 2023 s.d. Juli 2024
- Arif Agus S.E., M.M., Ak., CPA., CSFA. menjabat sejak Agustus 2024 s.d. sekarang